O estudante médio Kyou Sogoru é um nadador ávido que vive na bela cidade de Maihama. Ele passa seus dias saindo com os amigos, nadando e jogando videogame. No entanto, sua vida normal vira de cabeça para baixo quando uma garota bonita e misteriosa chamada Shizuno Misaki se aproxima dele com um pedido estranho - pule juntos na piscina da escola. Este salto fatídico transporta Kyou para um mundo devastado pela guerra, onde os humanos pilotam robôs humanóides impressionantes, conhecidos como Zegas, para lutar contra alienígenas maliciosos conhecidos como Gards-Orm. Para liderar esse esforço, os humanos formaram o Cerebrum, uma organização rebelde que trabalha para impedir que os Gards-Orm erradiquem a humanidade. Enquanto Kyou participa de operações de combate, conhece seus colegas pilotos de Zega e testemunha inúmeras mortes, ele começa a questionar a verdadeira natureza deste mundo, bem como sua própria vida.