No século 25, uma nave espacial transportando 300 pessoas deixa a terra em busca de um novo mundo no sistema solar, mas um acidente inesperado ocorre e eles acabam parando em um outro universo, chegando a um planeta chamado Ismo. Em meio ao caos, nasce uma criança, a primeira a nativa de Ismo, chamada Yamato Takeru. Ismo é único planeta que sobrou no Sistema de Onam, pois, a um milhão de anos atrás, Tsukuyomi, uma divindade maligna, destruiu os demais planetas em busca das cápsulas que selam Yamata no Orochi, um antigo monstro, para com seu poder, governar todo universo. Para isso ele usou robôs poderosos, conhecidos como Sky Warriors. No entanto, quando tentou adquirir a última cápsula no planeta Ismo, o mais poderoso dos Sky Warriors, Susanoo, ficou fora de controle e foi perdido. Agora, a Estrela da Morte Yomi, que é um cometa controlado por Tsukuyomi, está se aproximando do Sistema de Onam mais uma vez, e Tsukuyomi pretende aproveitar esta oportunidade para realizar seu objetivo. Tsukuyomi precisa do Sky Warrior Susanoo para recuperar a última pedra e envia os Sky Warriors para recupera-lo. Mas é tarde de mais, Susanoo não pertence mais a Tsukuyomi, pois Takeru, agora um menino com 12 anos de idade, o encontrou enterrado e o despertou de seu sono de milhões de anos. Takeru acaba envolvido na batalha contra os soldados do céu e o destino de todos em Ismo.