Batizada originalmente de Rurouni Kenshin, Samurai X é ambientada nos primeiros anos da Era Meiji no Japão. Durante 10 anos, Kenshin vagou pelo Japão até encontrar abrigo no Dojo Kamiya, onde a jovem Kaoru Kamiya lecionava kendo no estilo Kamiya Kashin (Espada para a Vida). A errante caminhada do jovem ronin tinha um propósito: Visualizar as inúmeras mortes que causara durante o Bakumatsu quando era um hitokiri (assassino retalhador) a serviço da Ishin Shishi (monarquistas que desejavam a restauração do governo para as mãos do imperador), do feudo de Choushuu. Nessa época, Kenshin ficou conhecido como Hitokiri Battousai, por sua grande habilidade com o Battoujutsu, técnica que em um movimento contínuo saca a espada e realiza o corte. Mesmo com a vitória dos monarquistas que culminou na derrubada do Shogunato Tokugawa, dando origem à Era Meiji, Kenshin, arrependido pelas inúmeras vidas que tirou, decide nunca mais matar.